基本的にDS版（iPhone版）の移植なので真新しい点はあまりありませんが、
PSP版で追加された機能がいくつかあります。

・画面比率が16：9になり、画質や音質が良くなった
・ギャラリーモード追加（イラストレーションやミュージックプレイヤー）
・移動中にアレンジサウンドとオリジナルサウンドを切り替えられる
・戦闘中にオートモード（2倍速機能）追加　　SELECTで実行／解除
・隠し要素に必須なモグネットが通信機能不要で進められる
・ジョブマスター認定カードが画面で確認できるようになった
・日本語／英語を切り替えられる

個人的には画質や音質が良くなったりオートバトル機能が搭載されたのは嬉しいですが、
もちろん機能追加でいいこと三昧なわけはなく、不満点も多いです。

・ロードが長すぎる
　データインストールしてても、ゲーム起動時ロードとセーブデータ選択後ロードが長すぎる。
　ゲームを起動してからゲーム開始まで約1分半はかかります。
　リセット時も同様の時間がかかるので、HP調整などで頻繁にリセットを行うプレイスタイルの人はイライラすること必至。
　また、フィールドから町などに入るときや町中の建物に入るときも2〜4秒ほどかかることがあり、
　あまつさえ戦闘中に盗むなどのアビリティを行動する際もたまに2秒ほどのラグがある場合があります。

・もっさり戦闘＆敵は最大3匹まで
　相変わらずのもっさり戦闘ですが、オートモード（2倍速機能）が搭載されたのでレベル上げは多少やりやすくなった？
　一度の戦闘での最大敵数が3匹なのもDS版と変わらず。

・ファンファーレが途切れる
　アイテムゲットや仲間が加わるときに流れるファンファーレが中途半端なところで途切れることが多いです。

・システム面が不親切すぎる
　セーブ時に、ロードしたデータではなく「新規データを作成する」にカーソルがいっているので、
　いちいち保存したいデータにカーソルを合わせないといけない。
　保存時も、　データを上書きしますか：「いいえ」にカーソルがいってるので「はい」にカーソルを合わせて○で決定　→
　セーブが完了しました：×で戻る　→　システムデータを保存しました：○で決定　と手順が多い。
　ちなみにセーブデータ選択時も、　ロードが完了しました：×で戻る　という不親切設計。
　なぜ○ボタンのみで進めるようにしないのか？　ちょっと意味が分かりません。
　また、装備時に「最強装備」コマンドがないので、ジョブチェンジ後にいちいち選び直さないといけません。
　原作に忠実に作ってあるのでしょうけど、今2012年ですよ。
　スーパーファミコンのFF5ですら搭載されていた機能を加えないのは単なる手抜きとしか感じられません。

なんというか、開発チームは誰一人として「これ、使い勝手悪いですね」と突っ込まなかったのだろうか？
スクエニはもっとエルゴノミクスというものを一から勉強すべき。